| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1023 | モリヤマ アイト 森山 心翔 (3) | 西大村 | 4:08.87 | |
| 2 | 1001 | エグチ ユウ 江口 優 (3) | 玖島 | 4:10.90 | |
| 3 | 117 | サカイ リョウ 酒井 良 (3) | 雞知 | 4:12.54 | |
| 4 | 116 | ヤマグチ ヒロキ 山口 裕輝 (3) | 雞知 | 4:12.60 | |
| 5 | 1306 | モリ ユウタロウ 森 雄太郎 (3) | 口之津 | 4:17.28 | |
| 6 | 1740 | ナガオ レオ 長尾 羚煌 (3) | 長崎琴海 | 4:20.53 | |
| 7 | 1155 | ナカドオリ マサト 中通 雅斗 (3) | 森山 | 4:21.97 | |
| 8 | 1726 | ヤマシタ ユキヒロ 山下 征大 (3) | 滑石 | 4:22.14 | |
| 9 | 822 | ヤマモト シュンスケ 山本 竣介 (3) | 清水 | 4:22.76 | |
| 10 | 212 | ニシノ アオイ 西野 蒼生 (3) | 勝本 | 4:22.79 | |
| 11 | 1127 | ヨネミツ フウマ 米満 楓馬 (3) | 西諫早 | 4:24.14 | |
| 12 | 1230 | モリシタ ダイア 森下 大空 (3) | 南串 | 4:24.86 | |
| 13 | 415 | コイデ アツシ 小出 篤志 (3) | 福江 | 4:25.18 | |
| 14 | 404 | サダカタ ダイキ 貞方 大樹 (3) | 福江 | 4:27.36 | |
| 15 | 613 | ハセガワ ガオウ 長谷川雅皇 (3) | 志佐 | 4:29.25 | |
| 16 | 231 | イマニシ ユウタロウ 今西勇大郎 (3) | 石田 | 4:30.18 | |
| 17 | 1611 | フルタチ コウタ 古立 航大 (3) | 長与第二 | 4:30.52 | |
| 18 | 904 | サトウ リョウガ 佐藤 領芽 (3) | 東彼杵 | 4:31.79 | |
| 19 | 848 | ヤマグチ コウノスケ 山口幸之介 (3) | 世知原 | 4:32.81 | |
| 20 | 1323 | ハヤシダ ヒイロ 林田 陽路 (3) | 西有家 | 4:33.63 | |
| 21 | 1409 | シモダ レオ 下田 陸王 (3) | 島原第一 | 4:34.38 | |
| 22 | 1231 | ナカムラ タイガ 中村 太俄 (3) | 南串 | 4:34.92 | |
| 23 | 1629 | オオツボ カナト 大坪 奏仁 (3) | 時津 | 4:34.95 | |
| 24 | 1416 | スエヨシ ユイト 末吉 結翔 (3) | 島原第一 | 4:36.35 | |
| 25 | 515 | シバヤマ エイト 柴山 英士 (3) | 南部 | 4:37.01 | |
| 26 | 535 | ツルマル ユウタ 鶴丸 祐太 (3) | 田平 | 4:41.48 | |
| 27 | 623 | タナカ シュンセイ 田中 駿成 (3) | 志佐 | 4:41.84 | |
| 28 | 316 | ナカムラ ユウリ 中村 悠力 (3) | 有川 | 4:43.02 | |
| 29 | 1532 | アライ リョウタ 新井 亮太 (3) | 大瀬戸 | 4:43.54 | |
| 30 | 318 | タテイシ ハスキ 立石 蓮稀 (3) | 有川 | 5:06.11 | |
| 31 | 1502 | トミナガ マサハル 冨永 雅温 (3) | 西彼 | 5:06.49 | |
| 902 | ナカシマ タカラ 中島 宝良 (3) | 東彼杵 | DNS |