| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 774 | キノシタ トモロウ 木下 友郎 (1) | 長崎大附属 | 4:54.41 | |
| 2 | 779 | ヒラノ ホタロウ 平野穂太朗 (1) | 長崎大附属 | 5:02.97 | |
| 3 | 1009 | サトウ ハクト 佐藤 珀斗 (1) | 琴海 | 5:13.76 | |
| 4 | 969 | モリタ ハルマ 森田 晴真 (1) | 東長崎 | 5:16.01 | |
| 5 | 811 | スギヤマ リク 杉山 陸 (1) | 長崎東 | 5:19.21 | |
| 6 | 902 | マツオ リュウビ 松尾 龍飛 (1) | 長崎 | 5:20.65 | |
| 7 | 984 | ヒガシノ コウタ 東野 晃大 (1) | 山里 | 5:23.50 | |
| 8 | 999 | コダマ ユウリ 小玉 侑利 (1) | 三重 | 5:23.85 | |
| 9 | 1005 | マゴメ カイト 馬込 海都 (1) | 三重 | 5:36.31 | |
| 10 | 972 | カワサキ コウシ 川﨑 煌志 (1) | 東長崎 | 5:36.55 | |
| 11 | 996 | オサキ コウキ 尾崎 昊絆 (1) | 三重 | 5:39.72 | |
| 12 | 1121 | ハマバタ リツキ 浜端 律気 (1) | 小ヶ倉 | 5:40.15 | |
| 13 | 971 | スエマツ リク 末松 陸 (1) | 東長崎 | 5:55.05 | |
| 14 | 963 | エザキ ケイ 江﨑 慶 (1) | 緑が丘 | 6:00.98 | |
| 15 | 1011 | ニシダ ケイスケ 西田 京介 (1) | 琴海 | 6:01.58 | |
| 16 | 1029 | フクシマ エイジ 福島 瑛二 (1) | 滑石 | 6:17.88 | |
| 17 | 814 | マツオ タイチ 松尾 泰知 (1) | 長崎東 | 6:18.65 | |
| 18 | 1119 | モリシタ ユキト 森下 志翔 (1) | 小ヶ倉 | 6:21.56 | |
| 19 | 944 | ヤナガ シュウセイ 弥長 周世 (1) | 桜馬場 | 6:22.02 |