| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 52 | コヤナギ アオシ 小栁 葵獅 (2) | 長崎大附属 | 4:30.67 | |
| 2 | 132 | ドナイ ショウタ 土内 正汰 (2) | 福田 | 4:31.61 | |
| 3 | 943 | タナカ タカヒト 田中 嵩人 (2) | 桜馬場 | 4:37.30 | |
| 4 | 385 | ウラタ イップウ 浦田 一風 (2) | 三重 | 4:39.54 | |
| 5 | 314 | ヤマグチ ヒョウセイ 山口 彪星 (2) | 東長崎 | 4:48.70 | |
| 6 | 51 | イトウ ソウシ 伊藤 颯志 (2) | 長崎大附属 | 4:52.93 | |
| 7 | 425 | ワシオ ケンスケ 鷲尾 健介 (2) | 長崎 | 4:53.34 | |
| 8 | 319 | ミネ リュウト 峯 琉斗 (2) | 東長崎 | 4:57.92 | |
| 9 | 665 | イガワ ハルキ 井川 陽輝 (2) | 横尾 | 5:00.77 | |
| 10 | 1146 | タケシタ リョウ 竹下 諒 (2) | 岩屋 | 5:01.08 | |
| 11 | 675 | モロフジ ヨウタ 諸藤 陽太 (2) | 滑石 | 5:02.45 | |
| 12 | 315 | コンドウ マサムネ 近藤 潤心 (2) | 東長崎 | 5:03.02 | |
| 13 | 500 | ウチダ リュウシン 内田 琉心 (2) | 長崎東 | 5:12.02 | |
| 14 | 426 | フクダ サネユキ 福田 真之 (2) | 長崎 | 5:13.47 | |
| 15 | 43 | ミナワ チヒロ 三縄 千洋 (2) | 長崎大附属 | 5:23.12 | |
| 16 | 137 | ヤマカワ コウセイ 山川 虹星 (2) | 福田 | 5:30.86 | |
| 17 | 501 | アラキ カンタ 荒木 幹太 (2) | 長崎東 | 5:31.55 | |
| 18 | 282 | マエオ ユズキ 前尾 柚葵 (2) | 滑石 | 5:39.52 | |
| 19 | 64 | オクムラ ハヤト 奥村 颯斗 (2) | 岩屋 | 5:44.17 |