| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 555 | トミヤマ ソウシ 冨山 颯士 (2) | 高来 | 4:19.35 | |
| 2 | 293 | クマモト コジロウ 隈本虎次郎 (2) | 小長井 | 4:25.26 | |
| 3 | 325 | キタミカ タイキ 北御門大輝 (2) | 長田 | 4:31.01 | |
| 4 | 327 | ナカシマ モトキ 中嶋 基貴 (2) | 長田 | 4:37.43 | |
| 5 | 454 | ニシオカ リン 西岡 凜 (2) | 西諫早 | 4:40.21 | |
| 6 | 554 | マメダ タツロウ 豆田 達郎 (2) | 高来 | 4:43.49 | |
| 7 | 347 | ミゾタ ケンゴ 溝田 健吾 (2) | 諫早 | 4:44.46 | |
| 8 | 263 | マエダ ダント 前田 暖人 (2) | 小野 | 4:51.21 | |
| 9 | 295 | ワタベ タイガ 渡部 大雅 (2) | 小長井 | 5:00.11 | |
| 10 | 346 | シモダ ケイタ 下田 慶太 (2) | 諫早 | 5:01.13 | |
| 11 | 350 | ヤマシタ ヒカル 山下 輝 (2) | 諫早 | 5:02.14 | |
| 12 | 981 | ソウダ ケンシン 早田 賢伸 (2) | 明峰 | 5:02.68 | |
| 13 | 404 | ナカノ アラタ 中野 新汰 (2) | 諫早高附属 | 5:05.82 | |
| 14 | 3009 | ツジ セイナ 辻 惺凪 (2) | 琴海 | 5:10.10 | |
| 15 | 405 | ヤノ タツヤ 矢野 達也 (2) | 諫早高附属 | 5:10.57 | |
| 16 | 671 | ヤマグチ マサハル 山口 雅陽 (2) | 明峰 | 5:12.69 | |
| 17 | 216 | ワタナベ ユウキ 渡辺 夕煌 (2) | 喜々津 | 5:15.52 | |
| 18 | 553 | ハヤシダ ハル 林田 陽 (2) | 高来 | 5:28.06 | |
| 1031 | タワラ アツキ 俵 充輝 (2) | 西諫早 | DNF |