| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 155 | ウラグチ ヒュウガ 浦口 彪雅 (4) | 七釜JC | 2:37.77 | NGR |
| 2 | 25 | ワタナべ ヒズル 渡邉 日出 (4) | 時津東 | 2:51.94 | |
| 3 | 338 | ナカシマ ソウシ 中島 颯志 (4) | 南部AC | 2:54.13 | |
| 4 | 337 | マツオカ エイト 松岡 衛飛 (4) | 南部AC | 2:57.37 | |
| 5 | 172 | ミクシ ジュン 三串 潤 (4) | 長崎陸上ク | 3:03.49 | |
| 6 | 224 | ナルセ ユウト 鳴瀬 佑翔 (4) | 小月クラブ | 3:05.00 | |
| 7 | 273 | タナカ ヨウヘイ 田中 陽平 (4) | 東長崎JC | 3:09.36 | |
| 8 | 131 | サカイ ナナツ 境 七夏 (4) | 村松クラブ | 3:12.83 | |
| 9 | 80 | マスダ トモキ 益田 知輝 (4) | 時津北 | 3:13.23 | |
| 10 | 339 | ヨシムラ エイト 吉村 瑛翔 (4) | 南部AC | 3:13.90 | |
| 11 | 276 | ヤマグチ リヒト 山口 璃士 (4) | 東長崎JC | 3:17.69 | |
| 12 | 22 | マツヤマ コウキ 松山 幸樹 (4) | 時津東 | 3:17.85 | |
| 13 | 174 | フジモト カズヤ 藤本 航也 (4) | 長崎陸上ク | 3:19.83 | |
| 14 | 17 | オカダ ユウダイ 岡田 侑大 (4) | 時津東 | 3:25.88 | |
| 15 | 173 | ウラカワ シオン 浦川 栞鳳 (4) | 長崎陸上ク | 3:32.27 | |
| 16 | 340 | フカガワ レイシン 深川 怜伸 (4) | 南部AC | 3:35.09 | |
| 17 | 81 | シモカワ テラ 下川 天良 (4) | 時津北 | 3:35.53 | |
| 18 | 18 | ドイ ハルト 土井 斡人 (4) | 時津東 | 3:48.97 |