| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 676 | トガワ シンセイ 戸川 心聖 (3) | 魚目 | 9:28.87 | |
| 2 | 2140 | アオキ シンタロウ 青木信太朗 (3) | 西彼陸友会 | 9:32.61 | |
| 3 | 2141 | ヨコヤマ ユウタ 横山 勇太 (3) | 西彼陸友会 | 9:38.69 | |
| 4 | 79 | コヤナギ アオシ 小栁 葵獅 (3) | 長崎大附属 | 9:44.66 | |
| 5 | 705 | タナカ タカヒト 田中 嵩人 (3) | 桜馬場 | 9:56.04 | |
| 6 | 2291 | ナカシマ ユウト 中島 悠斗 (3) | STR | 10:04.33 | |
| 7 | 52 | ヤマグチ ヒョウセイ 山口 彪星 (3) | 東長崎 | 10:05.98 | |
| 8 | 282 | ドイ トモキ 土井 智輝 (2) | 西浦上 | 10:09.84 | |
| 9 | 465 | ウラタ イップウ 浦田 一風 (3) | 三重 | 10:16.30 | |
| 10 | 373 | ヒロセ リンタロウ 廣瀬倫太郎 (2) | 桜が原 | 10:19.67 | |
| 11 | 64 | キノシタ トモロウ 木下 友郎 (2) | 長崎大附属 | 10:22.44 | |
| 12 | 2292 | ホリヤマ コウキ 堀山 幸暉 (2) | 西彼陸友会 | 10:23.47 | |
| 13 | 80 | マトノ カンタ 的野 勘汰 (3) | 長崎大附属 | 10:36.73 | |
| 14 | 2280 | ヨシダ レイ 吉田 玲唯 (2) | STR | 10:36.96 | |
| 15 | 2285 | ヤマモト ユイト 山本 結翔 (3) | STR | 10:37.12 | |
| 16 | 482 | ヨシダ トア 吉田 翔有 (2) | 小浜 | 10:52.36 | |
| 17 | 375 | オカモト コウセイ 岡本 昂成 (3) | 桜が原 | 10:57.10 | |
| 18 | 590 | タガミ ミナト 田上 湊 (2) | 長崎琴海 | 10:59.49 | |
| 19 | 78 | イトウ ソウシ 伊藤 颯志 (3) | 長崎大附属 | 11:01.03 | |
| 20 | 2270 | アライ ハルキ 新井 陽希 (2) | STR | 11:09.32 | |
| 21 | 539 | ミヤムラ ユウセイ 宮村 優誠 (2) | 大瀬戸 | 11:17.69 | |
| 22 | 2274 | イリエ リョウタ 入江 遼太 (2) | STR | 11:26.41 | |
| 23 | 441 | フクダ サネユキ 福田 真之 (3) | 長崎 | 11:51.93 | |
| 24 | 70 | ミナワ チヒロ 三縄 千洋 (3) | 長崎大附属 | 12:14.80 |