| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 7 | ツルタ タカヒロ 鶴田 宇大 (2) | 瓊浦 | 8:49.26 | |
| 2 | 685 | マツオ ユウホ 松尾 侑歩 (2) | 諫早 | 8:49.36 | |
| 3 | 2213 | マツオ リク 松尾 玲玖 (01) | 長大医学部 | 8:53.80 | |
| 4 | 692 | トダ オウスケ 戸田 旺佑 (1) | 諫早 | 8:56.40 | |
| 5 | 28 | オザキ カズシ 尾﨑 和志 (1) | 瓊浦 | 8:57.24 | |
| 6 | 1050 | ワタナベ リク 渡辺 璃来 (2) | 長崎北陽台 | 9:07.15 | |
| 7 | 25 | タナカ アツキ 田中 敦貴 (1) | 瓊浦 | 9:09.76 | |
| 8 | 1049 | ハシグチ ユウリ 橋口 雄吏 (2) | 長崎北陽台 | 9:11.81 | |
| 9 | 680 | シゲマツ タク 重松 大琥 (2) | 諫早 | 9:12.98 | |
| 10 | 1048 | タジマ サトル 田嶋 哲 (2) | 長崎北陽台 | 9:14.27 | |
| 11 | 27 | ヤマグチ カナト 山口 叶人 (1) | 瓊浦 | 9:26.42 | |
| 12 | 26 | クボタ ハルキ 久保田陽希 (1) | 瓊浦 | 9:26.62 | |
| 13 | 29 | ヒラヤマ ユカイ 平山 愉快 (1) | 瓊浦 | 9:26.66 | |
| 14 | 2305 | カネコ フミオ 金子 史雄 (91) | 大村市陸協 | 9:27.01 | |
| 15 | 2204 | クマダキ セナ 熊懐 聖那 (04) | 長崎大 | 9:28.99 | |
| 16 | 2265 | ツバキヤマ リュウノスケ 椿山竜之介 (05) | 長崎大 | 9:29.43 | |
| 17 | 6 | ヤマグチ ハヤテ 山口 颯爽 (2) | 瓊浦 | 9:34.24 | |
| 18 | 684 | ナカヤ ユウト 中屋 悠人 (2) | 諫早 | 9:37.29 | |
| 19 | 2584 | イワナガ タカシ 岩永 貴志 (88) | 長崎市陸協 | 9:41.53 | |
| 20 | 697 | サナカ ケンセイ 佐仲 健生 (1) | 諫早 | 9:48.08 | |
| 21 | 693 | タナカ コウシロウ 田中孝志郎 (1) | 諫早 | 9:55.16 | |
| 22 | 2114 | ソノダ シゲユキ 園田 繁之 (95) | 長大医学部 | 9:58.63 | |
| 23 | 698 | マエソノ コウキ 前園 幸希 (1) | 諫早 | 10:14.82 | |
| 24 | 2057 | ニシカワ ヒラク 西川 啓 (92) | 長崎県庁 | 10:21.31 |