| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 839 | シン ユウキ 進 優希 (2) | 祇園 | 4:17.10 | |
| 2 | 103 | ヒダカ タクト 日髙 琢仁 (2) | 雞知 | 4:18.57 | |
| 3 | 842 | ヤマモト シュンタロウ 山本隼太朗 (2) | 清水 | 4:18.58 | |
| 4 | 1107 | イワタ レンスケ 岩田 蓮亮 (2) | 諫早 | 4:19.22 | |
| 5 | 1147 | フジヤマ ノゾム 藤山 希 (2) | 喜々津 | 4:19.93 | |
| 6 | 1715 | ドイ トモキ 土井 智輝 (2) | 西浦上 | 4:21.99 | |
| 7 | 102 | ヤマグチ ソウタ 山口 颯太 (2) | 雞知 | 4:26.04 | |
| 8 | 216 | ナガシマ ユウガ 長嶋 優雅 (2) | 芦辺 | 4:26.48 | |
| 9 | 419 | エガシラ ミキト 江頭未来都 (2) | 福江クラブ | 4:27.08 | |
| 10 | 1745 | キノシタ トモロウ 木下 友郎 (2) | 長崎大附属 | 4:27.40 | |
| 11 | 1658 | イナミ トモヤ 稲見 智也 (2) | 青雲 | 4:30.97 | |
| 12 | 440 | タニガワ コウキ 谷川 晃暉 (2) | 三井楽 | 4:32.50 | |
| 13 | 1519 | ホリヤマ コウキ 堀山 幸暉 (2) | 大瀬戸 | 4:32.82 | |
| 14 | 503 | トムラ ナオキ 戸村 直紀 (2) | 平戸 | 4:34.50 | |
| 15 | 1024 | エゾエ マサキ 江副 真樹 (2) | 郡 | 4:35.15 | |
| 16 | 1023 | トミタ ダイシン 冨田 大心 (2) | 萱瀬 | 4:39.74 | |
| 17 | 629 | ハラダ カイト 原田 海翔 (2) | 松浦AC | 4:41.85 | |
| 18 | 1411 | テラダ イブキ 寺田 衣吹 (2) | GRANDIS | 4:42.31 | |
| 19 | 215 | ニシノ ルイ 西野 琉生 (2) | 勝本 | 4:43.54 | |
| 20 | 1647 | コサザ レン 小佐々 廉 (2) | 鳴北 | 4:45.78 | |
| 21 | 1326 | ヨシダ シュンタロウ 吉田俊太郎 (2) | 西有家 | 4:46.47 | |
| 22 | 510 | ニシ リョウト 西 亮翔 (2) | 平戸 | 4:48.32 | |
| 23 | 1524 | ミヤムラ ユウセイ 宮村 優誠 (2) | 大瀬戸 | 4:53.93 | |
| 24 | 618 | コニシ タケル 小西 健竜 (2) | 志佐 | 4:56.94 | |
| 25 | 1223 | ヨシダ トア 吉田 翔有 (2) | 小浜 | 4:58.27 | |
| 26 | 1213 | シマダ コハク 島田 琥珀 (2) | 国見 | 4:59.84 | |
| 27 | 307 | トミノ カイセイ 冨野 海惺 (2) | 上五島AC | 5:02.34 | |
| 28 | 902 | ナカザト アツシ 中里 敦 (2) | 東彼杵 | 5:04.64 | |
| 29 | 910 | シバサキ リュウマ 柴崎 龍馬 (2) | 川棚 | 5:05.31 | |
| 1321 | タカハシ アツト 髙橋 篤人 (2) | 西有家 | DNS |