| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 64 | キノシタ トモロウ 木下 友郎 (2) | 長崎大附属 | 4:30.77 | |
| 2 | 282 | ドイ トモキ 土井 智輝 (2) | 西浦上 | 4:31.21 | |
| 3 | 42 | モリタ ハルマ 森田 晴真 (2) | 東長崎 | 4:39.91 | |
| 4 | 446 | マツオ リュウビ 松尾 龍飛 (2) | 長崎 | 4:41.87 | |
| 5 | 88 | ハマモト ケンシン 濵本 健心 (2) | 長崎大附属 | 4:43.24 | |
| 6 | 279 | カワグチ ヒカル 川口 輝 (2) | 西浦上 | 4:48.74 | |
| 7 | 1048 | クワノ エイスケ 桒野 英佑 (2) | 緑が丘 | 4:54.66 | |
| 8 | 590 | タガミ ミナト 田上 湊 (2) | 琴海 | 5:01.18 | |
| 9 | 470 | オサキ コウキ 尾崎 昊絆 (2) | 三重 | 5:04.57 | |
| 10 | 414 | シゲマツ タイセイ 重松 大星 (2) | 土井首 | 5:08.59 | |
| 11 | 580 | サトウ ハクト 佐藤 珀斗 (2) | 琴海 | 5:11.78 | |
| 12 | 406 | スギヤマ リク 杉山 陸 (2) | 長崎東 | 5:12.04 | |
| 13 | 44 | スエマツ リク 末松 陸 (2) | 東長崎 | 5:13.79 | |
| 14 | 479 | マゴメ カイト 馬込 海都 (2) | 三重 | 5:15.50 | |
| 15 | 215 | フクシマ エイジ 福島 瑛二 (2) | 滑石 | 5:18.27 | |
| 16 | 919 | ヤマシタ シュンキ 山下 俊輝 (2) | 西浦上 | 5:24.51 | |
| 17 | 473 | コダマ ユウリ 小玉 侑利 (2) | 三重 | 5:25.45 | |
| 18 | 408 | マツオ タイチ 松尾 泰知 (2) | 長崎東 | 5:29.53 | |
| 19 | 409 | ミヤザキ イッシン 宮崎 壱心 (2) | 長崎東 | 5:30.01 | |
| 20 | 557 | ハマバタ リツキ 浜端 律気 (2) | 小ヶ倉 | 5:33.59 | |
| 21 | 708 | ヤナガ シュウセイ 弥長 周世 (2) | 桜馬場 | 5:40.79 |