| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 787 | フジヤマ ノゾム 藤山 希 (1) | 喜々津 | 4:36.27 | |
| 2 | 783 | マツモト ソウ 松本 双 (1) | 小長井 | 4:39.55 | |
| 3 | 788 | コバヤシ ハルト 小林 陽仁 (1) | 喜々津 | 4:40.07 | |
| 4 | 752 | カワイ シュウユ 川井 秀勇 (1) | 諫早高附属 | 4:42.55 | |
| 5 | 736 | トミタ ダイシン 冨田 大心 (1) | 萱瀬 | 4:48.18 | |
| 6 | 782 | マツモト イチ 松本 壱 (1) | 小長井 | 4:48.91 | |
| 7 | 1033 | ホリタ ヒロト 堀田 大翔 (1) | 西諫早 | 5:00.05 | |
| 8 | 1062 | ヤマモト リオト 山本利麻斗 (1) | 玖島 | 5:01.25 | |
| 9 | 921 | イケダ アオイ 池田 碧泉 (1) | 北諫早 | 5:01.80 | |
| 10 | 1115 | コガ タイキ 古賀 大葵 (1) | 西大村 | 5:03.19 | |
| 11 | 1016 | ハヤシダ コウスケ 林田 煌介 (1) | 有喜 | 5:03.97 | |
| 12 | 754 | ワタナベ ソウイチロウ 渡邉聡一朗 (1) | 諫早高附属 | 5:04.62 | |
| 13 | 1129 | タハラ ユウスケ 田原 友輔 (1) | 諫早 | 5:09.23 | |
| 14 | 1304 | キド オトナリ 木戸 乙成 (1) | 諫早高附属 | 5:09.45 | |
| 15 | 1032 | モリ イッシン 森 一心 (1) | 西諫早 | 5:09.78 | |
| 16 | 1064 | モリグチ ヒカル 森口 陽翔 (1) | 諫早琴海 | 5:18.68 | |
| 17 | 1132 | ノグチ シンイチロウ 野口慎一郎 (1) | 長崎日大 | 5:23.87 | |
| 18 | 1047 | ヤマダ リュウト 山田 竜登 (1) | 高来 | 5:35.08 | |
| 19 | 791 | タカマ リュウイチ 髙間 龍一 (1) | 喜々津 | 5:42.38 | |
| 20 | 1046 | ナカツジ ミキヒト 中辻󠄀 幹人 (1) | 高来 | 5:45.39 | |
| 21 | 1054 | イノウエ アラタ 井上 新太 (1) | 玖島 | 6:06.13 |