| 順位 | チーム名 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1 | 郷ノ浦 | 58:15 | |
| 2 | 諫早 | 58:18 | |
| 3 | 佐世保北 | 58:19 | |
| 4 | GRANDIS島原 | 58:58 | |
| 5 | 早岐 | 59:11 | |
| 6 | 福江 | 59:37 | |
| 7 | 東長崎 | 59:39 | |
| 8 | 青雲 | 59:45 | |
| 9 | 雞知 | 59:45 | |
| 10 | 喜々津 | 59:54 | |
| 11 | 波佐見 | 59:56 | |
| 12 | STR | 1:00:07 | |
| 13 | 郡 | 1:00:33 | |
| 14 | 平戸 | 1:00:36 | |
| 15 | 口之津 | 1:00:40 | |
| 16 | 大瀬戸 | 1:00:52 | |
| 17 | 東彼杵 | 1:00:58 | |
| 18 | 石田 | 1:01:05 | |
| 19 | 西有家 | 1:01:16 | |
| 20 | 玖島 | 1:01:49 | |
| 21 | 長崎大附属 | 1:01:55 | |
| 22 | 志佐 | 1:01:57 | |
| 23 | 久田 | 1:02:38 | |
| 24 | 愛野 | 1:03:26 | |
| 25 | 国見 | 1:03:59 | |
| 26 | 上五島 | 1:04:01 | |
| 27 | 魚目 | 1:04:24 | |
| 28 | 福江陸上クラブ | 1:04:51 | |
| 29 | 御厨 | 1:05:09 | |
| 30 | 田平 | 1:07:08 | |
| 31 | 西彼 | 1:08:24 |