| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 187 | タゾエ シュウヤ 田添 秀弥 (2男) | 時津北 | 3:18.17 | |
| 2 | 448 | イシガミ コウガ 石上 煌賀 (2男) | Speed kids | 3:21.78 | |
| 3 | 17 | ヤマグチ アサヒ 山口 朝大 (1男) | 長崎大附属 | 3:25.31 | |
| 4 | 66 | ホリカワ レイ 堀川 麗衣 (2女) | 鳴鼓陸上ク | 3:27.91 | |
| 5 | 450 | モリ コウキ 森 康稀 (2男) | Speed kids | 3:29.83 | |
| 6 | 106 | イダ ヒロト 井田 洋翔 (2男) | 鳴鼓陸上ク | 3:31.70 | |
| 7 | 358 | ナガサト オトハ 長郷 音芭 (2女) | 明峰J | 3:35.34 | |
| 8 | 554 | スエオカ ミナト 末岡 光翔 (2男) | 大瀬戸JC | 3:39.35 | |
| 9 | 447 | ヤマモト リオ 山本 莉央 (2女) | 南部AC | 3:40.55 | |
| 10 | 357 | ヤマサキ フタバ 山﨑 双葉 (2女) | 明峰J | 3:48.34 | |
| 11 | 647 | マエノ ソウスケ 前野 颯介 (1男) | 明峰J | 3:50.03 | |
| 12 | 460 | ミクリヤ ユメ 御厨 ゆめ (2女) | 大瀬戸JC | 3:50.24 | |
| 13 | 416 | クワハラ アサヒ 桒原彩桜陽 (2女) | Speed kids | 3:58.74 | |
| 14 | 386 | キュウマ カノン 久間 佳音 (2女) | Speed kids | 3:59.09 | |
| 15 | 80 | ナカゾノ ナズナ 中園なずな (2女) | 長崎陸上ク | 4:01.80 | |
| 16 | 13 | オノハラ リク 小野原理玖 (1男) | Victoire | 4:08.72 | |
| 17 | 417 | オオタ ヒヨリ 大田陽依里 (2女) | Speed kids | 4:16.04 | |
| 18 | 413 | オガタ ミア 緒方 美藍 (2女) | Speed kids | 4:21.26 |