| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 213 | ニシ ゲンタ 西 絃太 (1) | 郷ノ浦 | 4:31.62 | |
| 2 | 1702 | ニシカワ ミヒロ 西川 充洋 (1) | 東長崎 | 4:34.29 | |
| 3 | 1633 | ヨコヤマ コウタ 横山 煌太 (1) | 西彼陸友会 | 4:34.95 | |
| 4 | 1219 | ミウラ セイゴ 三浦 晟心 (1) | Veloce | 4:35.81 | |
| 5 | 604 | オクノ アカシ 奥野 茜士 (1) | 御厨 | 4:37.08 | |
| 6 | 1137 | ナカムラ アイキ 中村 愛輝 (1) | 真城 | 4:43.84 | |
| 7 | 1152 | フクナガ ダイゴ 福永 大悟 (1) | 諫早高附属 | 4:48.18 | |
| 8 | 1023 | クボ キヨハル 久保 潔青 (1) | 西大村 | 4:49.23 | |
| 9 | 509 | キタムラ ハジメ 北村 基 (1) | 平戸 | 4:52.19 | |
| 10 | 842 | モリ ヒロタカ 森 丈剛 (1) | 中里 | 4:53.67 | |
| 11 | 1333 | ニシダ イオリ 西田 伊織 (1) | 西有家 | 4:53.73 | |
| 12 | 1521 | ヨシカワ アサヒ 𠮷川 朝陽 (1) | 大瀬戸 | 4:53.81 | |
| 13 | 1760 | ヤナギ ゴロウ 栁 吾郎 (1) | 南部AC | 4:56.53 | |
| 14 | 307 | ウラタ シュンペイ 浦田 隼平 (1) | 有川 | 4:57.19 | |
| 15 | 405 | イリグチ マサキ 入口 真輝 (1) | 福江 | 4:58.86 | |
| 16 | 1634 | ヨコオ リツキ 横尾 律希 (1) | 西彼陸友会 | 5:01.45 | |
| 17 | 853 | コヤナギ ルキ 小栁 瑠輝 (1) | 宇久 | 5:01.48 | |
| 18 | 136 | ヤマダ ハルト 山田 大翔 (1) | 比田勝 | 5:02.72 | |
| 19 | 107 | マツモト タツキ 松本 樹心 (1) | 厳原 | 5:05.53 | |
| 20 | 612 | イケダ サク 池田 朔 (1) | 志佐 | 5:06.05 | |
| 21 | 1519 | ムラタ ゴウ 村田 護 (1) | 大崎 | 5:06.99 | |
| 22 | 1413 | ナカムラ シンノスケ 中村信之介 (1) | GRANDIS | 5:07.00 | |
| 23 | 526 | イシダ イッシン 石田 一真 (1) | 田平 | 5:10.77 | |
| 24 | 408 | キグチ ナツキ 木口 夏綺 (1) | 福江 | 5:13.29 | |
| 25 | 1416 | ヨシカワ ユイト 𠮷川 結人 (1) | GRANDIS | 5:13.88 | |
| 26 | 913 | ハマゾエ キラト 浜添 煌虎 (1) | 波佐見 | 5:13.97 | |
| 27 | 1205 | マエダ シュンタ 前田 隼汰 (1) | 国見 | 5:18.42 | |
| 28 | 912 | フジモト リョウ 藤本 諒 (1) | 波佐見 | 5:25.11 | |
| 29 | 1321 | ハヤシダ セナ 林田 惺南 (1) | 南有馬 | 5:25.79 | |
| 30 | 1029 | ヤマミチ トウマ 山道 冬馬 (1) | 萱瀬 | 5:31.34 | |
| 216 | ニシ コウタ 西 康太 (1) | 郷ノ浦 | DNS |