| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 224 | ナガシマ ユウガ 長嶋 優雅 (3) | 芦辺 | 4:09.46 | |
| 2 | 830 | ヤマモト シュンタロウ 山本隼太朗 (3) | 清水 | 4:11.09 | |
| 3 | 1145 | フジヤマ ノゾム 藤山 希 (3) | 喜々津 | 4:13.77 | |
| 4 | 202 | ニシ リンノスケ 西 凛乃介 (3) | 郷ノ浦 | 4:14.53 | |
| 5 | 117 | ヤマグチ ソウタ 山口 颯太 (3) | 雞知 | 4:16.05 | |
| 6 | 1625 | イナミ トモヤ 稲見 智也 (3) | 青雲 | 4:16.59 | |
| 7 | 402 | スエナガ ノブキ 末永 展生 (3) | 福江 | 4:16.84 | |
| 8 | 404 | タニガワ コウキ 谷川 晃暉 (3) | 福江 | 4:16.87 | |
| 9 | 503 | トムラ ナオキ 戸村 直紀 (3) | 平戸 | 4:16.97 | |
| 10 | 1008 | ヤマモト リオト 山本利麻斗 (3) | 玖島 | 4:18.13 | |
| 11 | 114 | トウ イブキ 藤 聖樹 (3) | 雞知 | 4:20.48 | |
| 12 | 1732 | キノシタ トモロウ 木下 友郎 (3) | 長崎大附属 | 4:20.50 | |
| 13 | 1632 | ホリヤマ コウキ 堀山 幸暉 (3) | 西彼陸友会 | 4:22.03 | |
| 14 | 1054 | ヒロセ リンタロウ 廣瀬倫太郎 (3) | 桜が原 | 4:22.45 | |
| 15 | 864 | ナカムラ エイト 中村 瑛翔 (3) | MRC SASEBO | 4:23.14 | |
| 16 | 1101 | イワタ レンスケ 岩田 蓮亮 (3) | 諫早 | 4:23.26 | |
| 17 | 302 | ツボイ ヨシトモ 坪井 嘉大 (3) | 有川 | 4:24.02 | |
| 18 | 1404 | タナカ レン 田中 漣 (3) | GRANDIS | 4:24.39 | |
| 19 | 608 | コニシ タケル 小西 健竜 (3) | 志佐 | 4:24.79 | |
| 20 | 1718 | ドイ トモキ 土井 智輝 (3) | 西浦上 | 4:24.95 | |
| 21 | 613 | ハラダ カイト 原田 海翔 (3) | 調川 | 4:25.08 | |
| 22 | 1403 | テラダ イブキ 寺田 衣吹 (3) | GRANDIS | 4:27.01 | |
| 23 | 502 | ニシ リョウト 西 亮翔 (3) | 平戸 | 4:30.20 | |
| 24 | 904 | フカガワ キヨラ 深川 聖来 (3) | 東彼杵 | 4:31.96 | |
| 25 | 1326 | アダチ タイガ 安達 大雅 (3) | 西有家 | 4:36.18 | |
| 26 | 1217 | ヨシダ トア 吉田 翔有 (3) | Veloce | 4:39.04 | |
| 27 | 907 | ナカザト アツシ 中里 敦 (3) | 東彼杵 | 4:39.54 | |
| 28 | 315 | トミノ カイセイ 冨野 海惺 (3) | 上五島AC | 4:40.26 | |
| 29 | 1522 | ミヤムラ ユウセイ 宮村 優誠 (3) | 大瀬戸 | 4:40.86 | |
| 30 | 1320 | イノクチ アツキ 井口 敦貴 (3) | 南有馬 | 4:41.23 | |
| 31 | 1513 | マエハマ ダイキ 前浜 大輝 (3) | 西海 | 4:48.96 | |
| 1202 | シマダ コハク 島田 琥珀 (3) | 国見 | DNS |