| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 52 | ドナイ ヒロト 土内 寛人 (2) | 福田 | 4:38.77 | |
| 2 | 2035 | ムカエ コウキ 迎 幸輝 (2) | Victoire | 4:40.11 | |
| 3 | 2168 | タクミョウ ソワ 宅明 湊笑 (2) | 南部AC | 4:40.16 | |
| 4 | 474 | カゲヤマ オウタ 蔭山 櫻太 (2) | 小島 | 4:46.61 | |
| 5 | 115 | アソウ カケル 麻生 翔琉 (2) | 三重 | 4:47.55 | |
| 6 | 342 | ヤマグチ ケイタ 山口 慧大 (2) | 戸町 | 4:48.24 | |
| 7 | 588 | カワグチ リョウタロウ 川口遼太朗 (2) | 桜馬場 | 4:49.47 | |
| 8 | 2167 | モガリ ソウタ 茂刈 蒼大 (2) | 南部AC | 4:52.02 | |
| 9 | 301 | マキオ カンタ 牧尾 幹太 (2) | 長崎東 | 4:56.02 | |
| 10 | 1019 | オノ アキヨシ 小野 明慶 (2) | 橘 | 4:58.41 | |
| 11 | 2176 | フクシマ リュウセイ 福島 龍成 (2) | 南部AC | 5:00.56 | |
| 12 | 137 | ヤマナカ ハルト 山中 陽翔 (2) | 長崎大附属 | 5:05.74 | |
| 13 | 269 | マツイ ショウ 松井 翔 (2) | 岩屋 | 5:06.93 | |
| 14 | 440 | ヤマシタ コウ 山下 航 (2) | 土井首 | 5:07.86 | |
| 15 | 343 | ヤマグチ リュウセイ 山口 竜世 (2) | 戸町 | 5:09.04 | |
| 16 | 302 | ハマダ カイシン 濵田 海眞 (2) | 長崎東 | 5:09.95 | |
| 17 | 136 | カネコ シュウヤ 金子 修也 (2) | 長崎大附属 | 5:12.73 | |
| 18 | 580 | ウエマチ ミライ 上町 未來 (2) | 桜馬場 | 5:20.99 | |
| 19 | 584 | ドイ アイト 土井 愛翔 (2) | 桜馬場 | 5:21.88 | |
| 20 | 442 | ウメハラ ジュン 梅原 潤 (2) | 土井首 | 5:22.89 | |
| 21 | 758 | アサヤマ シキ 浅山 史喜 (2) | 長崎東 | 5:25.04 | |
| 22 | 439 | カワヤナギ フウスケ 川柳 風介 (2) | 土井首 | 5:28.83 |