| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 122 | キノシタ トモロウ 木下 友郎 (3) | 長崎大附属 | 4:20.91 | |
| 2 | 485 | ドイ トモキ 土井 智輝 (3) | 西浦上 | 4:22.28 | |
| 3 | 484 | カワグチ ヒカル 川口 輝 (3) | 西浦上 | 4:25.00 | |
| 4 | 463 | コダマ ユウリ 小玉 侑利 (3) | 三重 | 4:26.22 | |
| 5 | 54 | モリタ ハルマ 森田 晴真 (3) | 東長崎 | 4:28.66 | |
| 6 | 129 | ヒラノ ホタロウ 平野穂太朗 (3) | 長崎大附属 | 4:32.86 | |
| 7 | 408 | タガミ ミナト 田上 湊 (3) | 琴海 | 4:42.75 | |
| 8 | 511 | マツオ リュウビ 松尾 龍飛 (3) | 長崎 | 4:44.93 | |
| 9 | 225 | フクシマ エイジ 福島 瑛二 (3) | 滑石 | 4:46.59 | |
| 10 | 363 | クワノ エイスケ 桒野 英佑 (3) | 緑が丘 | 4:49.46 | |
| 11 | 297 | ハヤシ ユウタ 林 祐太 (3) | 長崎東 | 4:50.72 | |
| 12 | 407 | サトウ ハクト 佐藤 珀斗 (3) | 琴海 | 4:51.80 | |
| 13 | 437 | シゲマツ タイセイ 重松 大星 (3) | 土井首 | 4:52.30 | |
| 14 | 1088 | ダイラ ユウスケ 大良 優介 (3) | 滑石 | 4:53.76 | |
| 15 | 470 | ヤマシタ ハルキ 山下 悠紀 (3) | 小島 | 4:54.29 | |
| 16 | 337 | サカキ リュウセイ 榊 龍惺 (3) | 戸町 | 4:59.74 | |
| 17 | 56 | スエマツ リク 末松 陸 (3) | 東長崎 | 5:02.94 | |
| 18 | 621 | モリシタ ユキト 森下 志翔 (3) | 小ヶ倉 | 5:03.79 | |
| 19 | 147 | ハヤカワ リク 早川 陸 (3) | 梅香崎 | 5:17.04 | |
| 20 | 573 | ヤナガ シュウセイ 弥長 周世 (3) | 桜馬場 | 5:19.33 | |
| 21 | 298 | マツオ タイチ 松尾 泰知 (3) | 長崎東 | 5:28.84 | |
| 22 | 338 | ハベ ツカサ 羽辺 束早 (3) | 戸町 | 5:42.21 | |
| 23 | 623 | ハマバタ リツキ 浜端 律気 (3) | 小ヶ倉 | 5:42.76 | |
| 24 | 61 | シングウ チハル 新宮 千晴 (3) | 東長崎 | 5:59.27 |