| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 309 | フジヤマ ノゾム 藤山 希 (2) | 喜々津 | 4:27.22 | |
| 2 | 730 | トミタ ダイシン 冨田 大心 (2) | 萱瀬 | 4:28.83 | |
| 3 | 373 | ヒロセ リンタロウ 廣瀬倫太郎 (2) | 桜が原 | 4:30.49 | |
| 4 | 617 | オオクボ サトル 大久保 暁 (2) | 西大村 | 4:37.52 | |
| 5 | 20 | ニシ カンタ 西 敢太 (2) | 玖島 | 4:40.33 | |
| 6 | 2421 | ハヤシダ コウスケ 林田 煌介 (2) | 明峰ジュニア | 4:44.54 | |
| 7 | 461 | ノグチ シンイチロウ 野口慎一郎 (2) | 長崎日大 | 4:44.74 | |
| 8 | 158 | カワイ シュウユ 川井 秀勇 (2) | 諫早高附属 | 4:45.20 | |
| 9 | 160 | ワタナベ ソウイチロウ 渡邉聡一朗 (2) | 諫早高附属 | 4:45.72 | |
| 10 | 188 | タハラ ユウスケ 田原 友輔 (2) | 諫早 | 4:54.42 | |
| 11 | 291 | モリ イッシン 森 一心 (2) | 西諫早 | 4:55.92 | |
| 12 | 119 | マツモト イチ 松本 壱 (2) | 小長井 | 4:56.65 | |
| 13 | 496 | イケダ アオイ 池田 碧泉 (2) | 北諫早 | 4:58.34 | |
| 14 | 296 | ホリタ ヒロト 堀田 大翔 (2) | 西諫早 | 5:05.99 | |
| 15 | 384 | コンドウ ユキムラ 近藤 幸村 (2) | 桜が原 | 5:11.49 | |
| 16 | 313 | タカマ リュウイチ 髙間 龍一 (2) | 喜々津 | 5:12.15 | |
| 17 | 882 | ノグチ ユウシ 野口 侑士 (2) | 諫早高附属 | 5:18.01 | |
| 18 | 273 | ヤマダ リュウト 山田 竜登 (2) | 高来 | 5:20.31 | |
| 19 | 383 | ホシ トア 星 斗愛 (2) | 桜が原 | 5:21.31 | |
| 20 | 12 | イノウエ アラタ 井上 新太 (2) | 玖島 | 5:29.20 | |
| 21 | 1124 | ムラカミ ハルタ 村上 暖太 (2) | 桜が原 | 5:34.39 | |
| 22 | 272 | ナカツジ ミキヒト 中辻󠄀 幹人 (2) | 高来 | 5:44.61 | |
| 23 | 853 | クリハラ ミナト 栗原 湊 (2) | 玖島 | 5:45.54 |